مسجد حیدر دارای 2 طبقه و مساحتی بالغ بر 12000 مترمربع و گنجایش 4000 مسلمان بطور همزمان یکی از زیباترین و شناخته شده‌ترین بناهای تاریخی و مذهبی باکو است که برای اولین بار در دسامبر سال 2014 افتتاح شد.
مساحت ساختمان داخلی نیز 4200 مترمربع می‌باشد که نمای ظاهری آن از سنگ‌های خاص و منحصر به فردی از سبک معماری شیروان آبشوران که به معماری عصر نظامی گنجوی معروف است به زیبایی طراحی شده است.
این مسجد 4 مناره 95 متری، یک گنبد 55 متری و یک گنبد 35 متری را کنار یکدیگر قرار داده است و در هر دو طرف گنبدها آیات مقدس قرآن نیز به چشم می‌خورد.

طبق گفته‌های رئیس کمیته انجمن‌های مذهبی آذربایجان مسجد حیدر بعنوان مجتمعی مجزا که به نیروی اجرایی شهر باکو متصل است بر اساس قوانین مربوط به آن مدیریت می‌شود.
بنای این مسجد در اصل سال 1893 میلادی ساخته شده است و در سال 2012 مورد بازسازی قرارگرفته که بخش‌هایی مانند دو وضوخانه، دو سالن سمینار و یک کتابخانه بزرگ نیز به آن اضافه شد.
همچنین این مسجد بزرگترین فرش ماشینی دنیا را دارد.